Au XIXe siècle, Cerin doit sa réputation au procédé de lithographie. Ce système a été inventé par l’Allemand Senefelder en 1796. Il eut l’idée d’employer les calcaires lithographiques de Solnhofen en Bavière. Il faut une pierre à grain fin (99 % de carbonate de calcium à Cerin). Celle de Solnhofen, du Montsech en Espagne, et de Cerin dans le Bugey, sont parmi les plus célèbres.

Les premiers fossiles de poissons du site de Cerin ont été retrouvés en 1838 par l’ingénieur-géologue Aimé Drian. Quelques années auparavant, en 1821, Jules Itier, chargé du lever de la carte géologique de l’Ain, avait recueilli pour sa part des empreintes de poissons et de végétaux fossiles dans divers gisements bugistes. En 1846, Aimé Drian communique ses découvertes au savant Victor Thiollière qui comprit d’emblée l’importance paléontologique du gisement. Jusqu’à la date de sa mort en 1859, il ne cesse de rassembler des fossiles de Cerin. Cette collection de pièces exceptionnelles est donnée au Musée Guimet d’Histoire naturelle de Lyon. Elles font aujourd'hui parties de la collection du musée des confluences.

En 1969, l’idée d’un chantier émerge au sein du laboratoire associé au CNRS n° 11 dirigé par le professeur David. En 1975, les fouilles peuvent commencer. Le plus grand chantier d’Europe en la matière démarre.

Les fouilles dureront 20 ans et permettront de donner des réponses précises aux paléontologues. Les découvertes prouvent l'existence à Cerin d'une lagune tropicale datant d'environ 145 millions d'années.